永宁元年（1617年）七月十七日，秀保正室（菊御台）诞下秀保七子，后取名丰臣秀孝，封北大和（新庄）、河内部分共计三十二万石，称“新庄藩”。
不久，后阳成天皇崩御，秀保力主原秀吉养子、后阳成天皇之弟八条宫智仁亲王为天皇，因崩御后追号后花山院，故后多称为后花山天皇，念及年号刚改，天皇即位后并未急于改元，仍使用“永宁”。
面对基督教的蔓延，秀保决定进一步贯彻丰臣秀吉时代的《伴天连追放令》，驱逐外国传教士出境并且将传教与南蛮贸易严厉区分开来，对信仰基督教的大名进行诸多限制，希望他们放弃基督教信仰。
同时，从明国邀请高僧渡海传播佛法，进一步加强神佛习合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影响。
次年三月，为加强央集权，避免地方豪强做大，化解历代幕府后期都会出现的不稳定因素，进一步维护统治，幕府颁布《一城一国令》，各地大名基本执行后，幕府于永宁四年（1620年）又颁布《推恩令》，史称“永宁双令”。
《一城一国令》要求除幕府特准外，在一国（指令制国或大名的藩），大名主城或居城只能保留一个，其余的城必须全部废除。但是，当大名领有多个令制国时，领有的各令制国各准予保留一城，如毛利秀元坐拥安艺、备后两国，故除了主城广岛城外，备后福山城也准予保留。
《推恩令》则规定大名去后，除嫡长子继承家督外，其他嫡、庶子嗣也可分得所藩一部分土地成为支藩，大名可对此进行申诉，由幕府最终定夺（事实上只有少数谱代获准除外），支藩按照《一城一国令》要求另觅平原处建设居城，所需费用由主藩和支藩自行支出。后续藩政困难且主藩难以支援时，可向幕府申请上交封地进而获得优渥的待遇。
“永宁双令”的颁布让安定许久的天下再波澜，让秀保没想到的是，最先反对的竟是自己的亲家、山形藩主最上义康，他的兄弟最上义亲、清水义清、山野边义忠在最上义光病逝后就一直觊觎从他庞大的遗产分一杯羹，幕府的这个政策，更是给了他们可乘之机。
虽说最上义光在《推恩令》颁布六年前去，但幕府规定，开幕（即庆长八年）以后继任藩主的兄弟都可援引《推恩令》对早先继承情况提出申诉，由幕府决定是否适用。
最上氏内部这么大的骚动，幕府显然不会坐视不管，专门派遣使者赴出羽调查调和。
此时，仙台藩主伊达政宗也因子嗣众多，恐去后家生变，表态反对《推恩令》。此外，佐土原藩主岛津忠恒也号召数家大名联合抵制，史称“庚申之乱”或“推恩之乱”。
秀保其实在《一城一国令》颁布时就对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，威慑不轨大名，另一方面利诱大名家的支持者（如庶子和兄弟等），从内部分化反对势力。
十月二十八日，最上义康三弟清水义清于米泽城兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜屯兵山形藩边界；伊达政宗庶子派遣忍者于当夜刺杀伊达政宗于仙台，伊达家陷入混乱。
十一月三日，最上义亲作为内应打开城门，最上义康投降。检地后，最上氏石高达七十八万。
幕府商议决定，勒令最上义康退隐，以义康嫡子最上义兴（秀保的女婿）为家督，继承山形、最上两郡三十三万石，仍称山形藩；
最上义亲继承田川郡九万五千石，称庄内藩；
清水义清继承置赐郡十八万石，称米泽藩；
四弟山野边义忠继承饱海、雄胜两郡八万石，称岩崎藩；
另有由利郡五万四千石纳入御领。
两天后，面对幕府军的威慑，伊达氏家臣打开仙台城门，迎接蒲生、宇都宫军进城。
秀保将仙台废城，所领六十五万石分成六份，由幕府和伊达政宗五子瓜分。
嫡子伊达忠宗为名义上的家督，继承磐井、栗原二郡共计十五万石，称平泉藩；
庶长子伊达秀宗（亲近丰臣氏）继承宫城、名取、柴田、亘理四郡十四万石，称岩切藩；
四子伊达宗泰继承加美、黑川、玉造十一万五千石，称岩出山藩；
五子伊达宗纲继承登米、远田、志田三郡八万六千石，称佐沼藩；
六子伊达宗信继承刈田、伊具、宇多三郡五万六千石，称白石藩；
胆泽、江刺、气仙、本吉、桃生、牡鹿六郡十四万石被幕府纳入御领。
十一月二十日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城迎接幕府军，秀保将佐土原藩肢解为三家，“庚申之乱”平息。
历史上将“永宁双令”看作是继“大坂之阵”后，幕府对外样大名的再次削弱，至此，天下再无大名敢对幕府的权威表示怀疑或是挑战。
对于参与平息叛乱的大名，秀保则向他们颁布了《推恩另行状》，准予他们暂缓推恩一段时间，有充分时间提前消除推恩的不稳定因素，同时秀保也口头承诺推恩时幕府会偏向主藩，以缓和与强藩之间的矛盾。
永宁五年（1621年）二月，前往和歌山觐见秀赖后不久，水户藩主石田三成便一病不，纵然有名医诊治，却已是药石无医。
这位丰臣氏的重臣不顾病重之躯，执意前往伏见觐见秀保。
面对这位辅佐丰臣氏四十余年的老臣，秀保既感到悲伤又感到欣慰和钦佩，悲伤的是，即便大限将至，他还在为秀赖奔波；欣慰的是，比之原来的历史，他多活了二十余年，也算是以一方大名的身份安度晚年；钦佩的是，如今福岛、加藤、蜂须贺、浅野等秀吉旧臣都已向秀保臣服的情况下，他还是毫无保留地效忠秀赖，这种忠诚实属难得。
“请务必扶持右府成为关白！”石田三成气若游丝，费力地用手支撑着身子，眼巴巴地望着秀保。
“弹正（前年升任从四位下弹正大弼）请放心，当初答应太阁和淀夫人的，我会做到的”。秀保郑重地点了点头道。
两天后，石田三成病逝于大坂屋敷，魂归大坂，也算是得偿所愿。加之两年前增田长盛病逝，秀吉时代的五奉行全部离，历史的车轮就这般无情地滚动着。
不久，后阳成天皇崩御，秀保力主原秀吉养子、后阳成天皇之弟八条宫智仁亲王为天皇，因崩御后追号后花山院，故后多称为后花山天皇，念及年号刚改，天皇即位后并未急于改元，仍使用“永宁”。
面对基督教的蔓延，秀保决定进一步贯彻丰臣秀吉时代的《伴天连追放令》，驱逐外国传教士出境并且将传教与南蛮贸易严厉区分开来，对信仰基督教的大名进行诸多限制，希望他们放弃基督教信仰。
同时，从明国邀请高僧渡海传播佛法，进一步加强神佛习合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影响。
次年三月，为加强央集权，避免地方豪强做大，化解历代幕府后期都会出现的不稳定因素，进一步维护统治，幕府颁布《一城一国令》，各地大名基本执行后，幕府于永宁四年（1620年）又颁布《推恩令》，史称“永宁双令”。
《一城一国令》要求除幕府特准外，在一国（指令制国或大名的藩），大名主城或居城只能保留一个，其余的城必须全部废除。但是，当大名领有多个令制国时，领有的各令制国各准予保留一城，如毛利秀元坐拥安艺、备后两国，故除了主城广岛城外，备后福山城也准予保留。
《推恩令》则规定大名去后，除嫡长子继承家督外，其他嫡、庶子嗣也可分得所藩一部分土地成为支藩，大名可对此进行申诉，由幕府最终定夺（事实上只有少数谱代获准除外），支藩按照《一城一国令》要求另觅平原处建设居城，所需费用由主藩和支藩自行支出。后续藩政困难且主藩难以支援时，可向幕府申请上交封地进而获得优渥的待遇。
“永宁双令”的颁布让安定许久的天下再波澜，让秀保没想到的是，最先反对的竟是自己的亲家、山形藩主最上义康，他的兄弟最上义亲、清水义清、山野边义忠在最上义光病逝后就一直觊觎从他庞大的遗产分一杯羹，幕府的这个政策，更是给了他们可乘之机。
虽说最上义光在《推恩令》颁布六年前去，但幕府规定，开幕（即庆长八年）以后继任藩主的兄弟都可援引《推恩令》对早先继承情况提出申诉，由幕府决定是否适用。
最上氏内部这么大的骚动，幕府显然不会坐视不管，专门派遣使者赴出羽调查调和。
此时，仙台藩主伊达政宗也因子嗣众多，恐去后家生变，表态反对《推恩令》。此外，佐土原藩主岛津忠恒也号召数家大名联合抵制，史称“庚申之乱”或“推恩之乱”。
秀保其实在《一城一国令》颁布时就对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，威慑不轨大名，另一方面利诱大名家的支持者（如庶子和兄弟等），从内部分化反对势力。
十月二十八日，最上义康三弟清水义清于米泽城兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜屯兵山形藩边界；伊达政宗庶子派遣忍者于当夜刺杀伊达政宗于仙台，伊达家陷入混乱。
十一月三日，最上义亲作为内应打开城门，最上义康投降。检地后，最上氏石高达七十八万。
幕府商议决定，勒令最上义康退隐，以义康嫡子最上义兴（秀保的女婿）为家督，继承山形、最上两郡三十三万石，仍称山形藩；
最上义亲继承田川郡九万五千石，称庄内藩；
清水义清继承置赐郡十八万石，称米泽藩；
四弟山野边义忠继承饱海、雄胜两郡八万石，称岩崎藩；
另有由利郡五万四千石纳入御领。
两天后，面对幕府军的威慑，伊达氏家臣打开仙台城门，迎接蒲生、宇都宫军进城。
秀保将仙台废城，所领六十五万石分成六份，由幕府和伊达政宗五子瓜分。
嫡子伊达忠宗为名义上的家督，继承磐井、栗原二郡共计十五万石，称平泉藩；
庶长子伊达秀宗（亲近丰臣氏）继承宫城、名取、柴田、亘理四郡十四万石，称岩切藩；
四子伊达宗泰继承加美、黑川、玉造十一万五千石，称岩出山藩；
五子伊达宗纲继承登米、远田、志田三郡八万六千石，称佐沼藩；
六子伊达宗信继承刈田、伊具、宇多三郡五万六千石，称白石藩；
胆泽、江刺、气仙、本吉、桃生、牡鹿六郡十四万石被幕府纳入御领。
十一月二十日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城迎接幕府军，秀保将佐土原藩肢解为三家，“庚申之乱”平息。
历史上将“永宁双令”看作是继“大坂之阵”后，幕府对外样大名的再次削弱，至此，天下再无大名敢对幕府的权威表示怀疑或是挑战。
对于参与平息叛乱的大名，秀保则向他们颁布了《推恩另行状》，准予他们暂缓推恩一段时间，有充分时间提前消除推恩的不稳定因素，同时秀保也口头承诺推恩时幕府会偏向主藩，以缓和与强藩之间的矛盾。
永宁五年（1621年）二月，前往和歌山觐见秀赖后不久，水户藩主石田三成便一病不，纵然有名医诊治，却已是药石无医。
这位丰臣氏的重臣不顾病重之躯，执意前往伏见觐见秀保。
面对这位辅佐丰臣氏四十余年的老臣，秀保既感到悲伤又感到欣慰和钦佩，悲伤的是，即便大限将至，他还在为秀赖奔波；欣慰的是，比之原来的历史，他多活了二十余年，也算是以一方大名的身份安度晚年；钦佩的是，如今福岛、加藤、蜂须贺、浅野等秀吉旧臣都已向秀保臣服的情况下，他还是毫无保留地效忠秀赖，这种忠诚实属难得。
“请务必扶持右府成为关白！”石田三成气若游丝，费力地用手支撑着身子，眼巴巴地望着秀保。
“弹正（前年升任从四位下弹正大弼）请放心，当初答应太阁和淀夫人的，我会做到的”。秀保郑重地点了点头道。
两天后，石田三成病逝于大坂屋敷，魂归大坂，也算是得偿所愿。加之两年前增田长盛病逝，秀吉时代的五奉行全部离，历史的车轮就这般无情地滚动着。